Goole プロジェクト、droidtext
http://code.google.com/p/droidtext/
を使ってパスワード保護されたPDFを読む場合、PdfReader コンストラクタ引数に
パスワードをそのまま、byte配列で付与するだけである。
パスワードは、平文でよい。
String password;
String filePath;
PdfReader reader = new PdfReader(filePath, password.getBytes() );
int totalPages = reader.getNumberOfPages();